Cada estat membre, en col·laboració amb la Comissió Europea, acorda un o diversos programes operatius finançats per l’FSE per a un període de set anys (2014-2020). Aquests programes operatius descriuen les prioritats de les activitats de l’FSE i els seus objectius.

La Comissió Europea i les autoritats nacionals i regionals s’associen per dissenyar l’estratègia de l’FSE i per gestionar-la i supervisar-la. Fer feina de forma conjunta és la millor manera d’assegurar que els fons s’inverteixen de la manera més eficaç i que satisfan les necessitats de la regió.

Un dels principis que orienten el funcionament de l’FSE és el cofinançament: ha d’anar acompanyat de finançament públic o privat. Els percentatges de cofinançament varien entre el 50 % i el 85 % (fins al 95 % en casos excepcionals) del cost total del projecte, segons la riquesa relativa de la regió.