El sector nord de Formentera està format, en gran part, per dues zones deprimides d’albufera anomenades Estany Pudent i Estany des Peix.. Aquest darrer sembla tenir origen en un col•lapse càrstic afavorit per un sistema de falles normals . Probablement la gènesi del seu germà major, s’Estany Pudent, també sigui la mateixa. Això els converteix en un lloc de singular interès.
A l’illa, les falles són degudes a una activitat tectònica posterior a l’Orogènia Alpina, que és la predominant a Balears. Com a resultat, els materials de la zona són afectats normalment per processos càrstics que generen cavitats i aqüífers i que provoquen progressivament un enfonsament de l’àrea.
Quan aquesta àrea és de petites dimensions s’anomena dolina, mentre que a gran escala parlem de poljes. Les dimensions de les albuferes de Formentera suggereixen que és possible que es tracti de poljes sí bé, a dia d’avui, manquen estudis que permetin aportar més informació al respecte.
Esquema hipotètic de la formació de l’Estany des Peix.
En qualsevol cas, una vegada enfonsat el terreny actualment ocupat per l’estany, aquest ha patit processos tant erosius com sedimentaris.
Durant el pleistocè, i fins avui en dia, s’han dipositat dunes i platges que han reblit la conca creada prèviament. Les més antigues es troben fossilitzades i estan formades per marès, mentre que les dunes i platges més recents encara romanen actives i no consolidades.
Tant els sediments fossilitzats de les platges i dunes com els actuals formen la barrera que separa l’estany de la mar excepte per un punt al nord, per on les corrents marines han permès el pas de gran quantitat de peixos, motiu del seu nom.
