El puerto de Maó presenta dos orillas geológicamente diferentes; en el norte (izquierda) identificamos areniscas y lloselles oscuras sedimentadas hace más de 300 millones de años y que constituyen un relieve formado por pequeñas colinas. Estas contrastan con el marès, sedimentado entre hace 10 y 5 millones de años en un mar cálido de poca profundidad, de color claro y disposición horizontal de la orilla sur y de la península de La Mola. Debajo del agua se sitúa el contacto entre ambos tipos de roca, un elemento que representa el factor clave en la formación del puerto.
El puerto de Maó presenta dos orillas geológicamente diferentes: en el norte (izquierda) identificamos areniscas y lloselles de color oscuro sedimentadas en las grandes profundidades marinas; en cambio, en el sur (derecha) y en la península de La Mola, el marès y los conglomerados de colores claros presentan una disposición tabular que facilitó el establecimiento y desarrollo de la ciudad.
Tal como muestra la figura que sigue el texto, el origen del puerto se relaciona con un antiguo torrente que se abrió paso en el contacto entre ambos tipos de rocas (1). Una fuerte bajada del nivel del mar provocó un incremento de la pendiente y, por lo tanto, un mayor poder erosivo del torrente. En el margen sur del torrente, se producían desprendimientos de grandes bloques de marès, que quizás originaron calas como cala Figuera (2). El valle se iba profundizando y ensanchando, y la diferencia de rocas provocaba la formación de acantilados abruptos en el sur y un relieve más suave en el norte, donde se encajaban pequeños torrentes que dejaron entre ellos las pequeñas colinas (3). Una subida del nivel del mar paró el poder erosivo del torrente, inundó su valle y, en consecuencia, originó el puerto de Maó. Tan sólo unas pequeñas colinas que habrían resistido a la erosión sobrevivirían a la "inundación": las islas del puerto (4).
La morfología del puerto se puede asociar a un valle de origen fluvial inundado por una subida del nivel del mar.
Los acantilados del sur del puerto están constituidos también por conglomerados, una roca formada por cantos redondeados. Estos guijarros se desprenden con facilidad y provocan que la roca que se encuentra por encima, el marès, pierda su apoyo y se pueda desplomar. El deterioro del acantilado forma parte de su ciclo vital, pero, al mismo tiempo, implica un riesgo, tal como demuestran las caídas de rocas registradas a lo largo de la historia reciente.
